Vaqif Mustafayev yaradıcılığının ilk illərində "Mozalan" kinojurnalı üçün 50-yə yaxın satirik bədii və sənədli süjetlər çəkib. Vaqif Mustafayev ilk kino mükafatını 1984-cü ildə Moskvada Beynəlxalq gənc kinematoqrafçılar kinofestivalında "Belə lazımdır" (rus. Так надо) qısa metrajlı filmində "Ən yaxşı rejissor işinə görə" qazanıb. Həmin ildə "Mosfilm" kinostudiyasının festivalında onun "Musiqili xaş" (rus. Хаш с музыкой) "Ən yaxşı ssenariyə görə" mükafatlandırılıb. O, 1985-ci ildə "Bəyin oğurlanması" kinokomediyasını çəkib. Vaqif Mustafayevin 1988-ci ildə ərsəyə gətirdiyi "Yaramaz" filmi (rus. Мерзавец)1989-cu ildə Neapol-Sorrento Beynəlxalq kinofestivalında Qran-pri mükafatına – "Vittorio De Sika adina Qızıl Medalı"a, həmçinin Bolqarıstanın Qabrovo şəhərində Beynəlxalq komediya filmləri kinofestivalında "Çarli Çaplinin qızıl əsası" mükafatına layiq görülüb. Dünya şöhrətli kinorejissor Bernardo Bertoluççi "Yaramaz"ı dünya üzrə ən çox bəyəndiyi 35 filmin siyahısına daxil edib. Vaqif Mustafayevin 1991-ci ildə çəkdiyi "Nakəs" (rus. Вне) bədii filmi Tiflisdə "Qızıl Qartal" Beynəlxalq kinofestivalının iki əsas mükafatını və Türkiyədə "Avropa Türk – İslam Kültür birliyi"nin Qızıl medalını qazanıb. 1990-cı ildə ""Yapon" və yaponiyalı" qısa metrajlı, 1993-cü ildə "Fəryad" (rus. Стон) , 1994-cü ildə "Ləqəbi "İKA"dır" (rus. Под кличкой Ика) bədii filmlərinin ssenarisini yazıb. 1997-ci ildə "Hər şey yaxşılığa doğru" (rus. Все к лучшему) filmi A kateqoriyalı Oberxauzen (Almaniya) Beynəlxalq kinofestivalında dörd mükafata layiq görülüb. Hazırda "Hər şey yaxşılığa doğru" filmi Oberxauzen kino muzeyində qorunur. 1998-ci ildə Sankt-Peterburqda keçirilən Beynəlxalq kinofestivalında film münsiflər heyətinin Xüsusi Mükafatına layiq görülüb. Film Texasda nəşr edilən dünyanın ən yaxşı filmləri kataloquna daxil edilib. 2001-ci ildə İstanbulda görkəmli İtalyan rejissoru Ettore Skolanın sədrliyi ilə keçirilən film festivalında "Hər şey yaxşılığa doğru" ən əsas mükafatlardan birinə "Qızıl Atilla" mükafatına layiq görülüb. 1998-ci ildə Vaqif Mustafayev "Fransız" və "Yerlə göy arasında" filmlərini çəkib. 2004-cü ildə çəkdiyi "Milli bomba" (rus. Национальная бомба) filmi A kateqoriyalı Moskva Beynəlxalq kinofestivalının nominantı olub. Rusiyanın Smolensk şəhərində keçirilən Beynəlxalq kinofestivalda Qran-pri mükafatına layiq görülüb. Bolqarıstanın Varna şəhərində keçirilən Beynəlxalq kinofestivalda "Milli bomba" filmi "Müqəddəs Kliment Oxridski" adına mükafata layiq görülüb. 2006-cı ildə çəkdiyi 8 seriyalı "Yoxlama" (rus. Проверка) bədii filmi Moskvada keçirilən Avrasiya Teleforumunun Qran-pri mükafatını qazanıb. Vaqif Mustafayev Ümummilli Lider Heydər Əliyevə həsr olunmuş 12 sənədli filmin müəllifidir. Bu filmlərdən üçü "Əsl məhəbbət haqqında" , "Bir həsədin tarixi" və "Xüsusi təyinat " filmləri Moskvada keçirilən Avrasiya Teleforumunun Qran-pri mükafatına layiq görülüb. 2018-ci ildə Xocalı faciəsinə həsr olunmuş "Dərdimi çəkirəm" sənədli filmini çəkən Vaqif Mustafayev, 2022-ci ildə "Həyat, deyəsən, gözəldir" (rus. Жизнъ как будто хороша) bədii və "Fikrət Əmirov" bədii-sənədli filmlərini ərsəyə gətirib. "Həyat, deyəsən, gözəldir" filminə görə Türkiyədə keçirilən "Korkut Ata" Beynəlxalq kinofestivalında "Türk dünyasının ən yaxşı rejissoru" adına layiq görülmüşdür. Bir çox beynəlxalq kinofestivallarda münsiflər heyətinin sədri olan Vaqif Mustafayev Ali Attestasiya Komitəsi tərəfindən professor elmi adına layiq görülüb. Azərbaycan Dövlət Mədəniyyət və İncəsənət Universitetində kino rejissorluğundan dərs deyir.
