Vagif Mustafayev, sanat hayatının ilk yıllarında "Mozalan" film dergisi için 50'ye yakın hicivli kurgusal ve belgesel bölüm çekmiştir. Vagif Mustafayev ilk film ödülünü 1984'te Moskova'da düzenlenen Uluslararası Genç Sinemacılar Film Festivali'nde "Öyle Gerekiyor" (rus. Так надо) adlı kısa filmiyle "En İyi Yönetmen" ödülünü kazanarak aldı. Aynı yıl "Mosfilm" stüdyosunun festivalinde "Müzikli Haş" (rus. Хаш с музыкой) filmi "En İyi Senaryo" ödülüne layık görüldü. 1985 yılında "Damadın Kaçırılması" adlı sinema komedisini çekti. Vagif Mustafayev'in 1988'de tamamladığı "Alçak" (rus. Мерзавец) filmi 1989'da Napoli-Sorrento Uluslararası Film Festivali'nde Büyük Ödül'e — "Vittorio De Sica Altın Madalyası"na — ve ayrıca Bulgaristan'ın Gabrovo şehrinde düzenlenen Uluslararası Komedi Filmleri Festivali'nde "Charlie Chaplin'in Altın Bastonu" ödülüne layık görülmüştür. Dünyaca ünlü yönetmen Bernardo Bertolucci "Alçak"ı dünya çapında en beğendiği 35 film listesine dahil etmiştir. Vagif Mustafayev'in 1991'de çektiği "Vne" (rus. Вне) filmi Tiflis'teki "Altın Kartal" Uluslararası Film Festivali'nin iki ana ödülünü ve Türkiye'de "Avrupa Türk-İslam Kültür Birliği"nin Altın Madalyası'nı kazanmıştır. 1990'da "'Japon' ve Japon Kadın" adlı kısa filmin, 1993'te "İnleme" (rus. Стон), 1994'te "İka Lakaplı" (rus. Под кличкой Ика) filmlerinin senaryolarını yazmıştır. 1997'de "Her Şey Daha İyiye Doğru" (rus. Все к лучшему) filmi A kategorisindeki Almanya'nın Oberhausen Uluslararası Film Festivali'nde dört ödüle layık görülmüştür. Bugün "Her Şey Daha İyiye Doğru" filmi Oberhausen Sinema Müzesi'nde korunmaktadır. 1998'de Sankt-Peterburg'da düzenlenen Uluslararası Film Festivali'nde film Jüri Özel Ödülü'ne layık görülmüştür. Film, Teksas'ta yayımlanan dünyanın en iyi filmleri kataloğuna dahil edilmiştir. 2001'de İstanbul'da ünlü İtalyan yönetmen Ettore Scola başkanlığında düzenlenen film festivalinde "Her Şey Daha İyiye Doğru" ana ödüllerden biri olan "Altın Attila" ödülüne layık görülmüştür. 1998'de Vagif Mustafayev "Fransız" ve "Yer ile Gök Arasında" filmlerini çekmiştir. 2004'te çektiği "Millî Bomba" (rus. Национальная бомба) filmi A kategorisindeki Moskova Uluslararası Film Festivali'ne aday gösterilmiştir. Rusya'nın Smolensk şehrinde düzenlenen Uluslararası Film Festivali'nde Büyük Ödül'e layık görülmüştür. Bulgaristan'ın Varna şehrinde düzenlenen Uluslararası Film Festivali'nde "Millî Bomba" filmi "Aziz Ohridli Kliment" ödülüne layık görülmüştür. 2006'da çektiği 8 bölümlük "Kontrol" (rus. Проверка) filmi Moskova'da düzenlenen Avrasya Teleforumu'nun Büyük Ödülü'nü kazanmıştır. Vagif Mustafayev, Ulu Önder Haydar Aliyev'e adanmış 12 belgesel filmin yazarıdır. Bu filmlerden üçü — "Gerçek Sevgi Hakkında", "Bir Kıskançlığın Tarihi" ve "Özel Görev" — Moskova'da düzenlenen Avrasya Teleforumu'nun Büyük Ödülü'ne layık görülmüştür. 2018'de Hocalı faciasına adanmış "Derdimi Taşıyorum" belgeselini çeken Vagif Mustafayev, 2022'de "Hayat Sanki Güzel" (rus. Жизнь как будто хороша) sinema filmini ve "Fikret Emirov" belgesel-sinema filmini tamamlamıştır. "Hayat Sanki Güzel" filmiyle Türkiye'de düzenlenen "Korkut Ata" Uluslararası Film Festivali'nde "Türk Dünyasının En İyi Yönetmeni" unvanına layık görülmüştür. Birçok uluslararası film festivalinde jüri başkanlığı yapan Vagif Mustafayev, Yüksek Tasdik Komisyonu tarafından profesörlük unvanına layık görülmüştür. Azerbaycan Devlet Kültür ve Sanat Üniversitesi'nde sinema yönetmenliği dersleri vermektedir.
