В первые годы творческой деятельности Вагиф Мустафаев снял для киножурнала «Мозалан» около 50 сатирических художественных и документальных сюжетов. Свою первую кинонаграду Вагиф Мустафаев получил в 1984 году на Московском международном фестивале молодых кинематографистов за короткометражный фильм «Так надо», удостоенный приза «За лучшую режиссёрскую работу». В том же году на фестивале киностудии «Мосфильм» его фильм «Хаш с музыкой» был отмечен призом «За лучший сценарий». В 1985 году он снял кинокомедию «Похищение жениха». Фильм Вагифа Мустафаева «Мерзавец» (1988) в 1989 году был удостоен Гран-при — «Золотой медали имени Витторио де Сика» — на Неаполитано-Соррентийском международном кинофестивале, а также награды «Золотая трость Чарли Чаплина» на Международном фестивале комедийных фильмов в болгарском городе Габрово. Всемирно известный кинорежиссёр Бернардо Бертолуччи включил «Мерзавца» в список 35 наиболее понравившихся ему фильмов мира. Художественный фильм Вагифа Мустафаева «Вне» (1991) получил две главные награды Международного кинофестиваля «Золотой орёл» в Тбилиси и Золотую медаль «Европейского турецко-исламского культурного союза» в Турции. В 1990 году он написал сценарий короткометражного фильма «„Японец“ и японка», в 1993 году — художественного фильма «Стон», в 1994 году — «Под кличкой Ика». В 1997 году фильм «Всё к лучшему» был удостоен четырёх наград на Международном кинофестивале категории А в Оберхаузене (Германия). Сегодня фильм «Всё к лучшему» хранится в музее кино в Оберхаузене. В 1998 году на Международном кинофестивале в Санкт-Петербурге фильм получил специальный приз жюри. Фильм был включён в каталог лучших фильмов мира, издаваемый в Техасе. В 2001 году на кинофестивале в Стамбуле, проходившем под председательством выдающегося итальянского режиссёра Этторе Скола, «Всё к лучшему» был удостоен одной из главных наград — «Золотой Аттилы». В 1998 году Вагиф Мустафаев снял фильмы «Француз» и «Между небом и землёй». Его фильм «Национальная бомба» (2004) стал номинантом Московского международного кинофестиваля категории А. На Международном кинофестивале в Смоленске (Россия) он получил Гран-при. На Международном кинофестивале в болгарской Варне «Национальная бомба» была удостоена премии имени Святого Климента Охридского. Снятый им в 2006 году 8-серийный художественный фильм «Проверка» получил Гран-при Евразийского телефорума, проходившего в Москве. Вагиф Мустафаев — автор 12 документальных фильмов, посвящённых Общенациональному лидеру Гейдару Алиеву. Три из этих фильмов — «Об истинной любви», «История одной зависти» и «Особое назначение» — были удостоены Гран-при Евразийского телефорума, проходившего в Москве. В 2018 году Вагиф Мустафаев снял документальный фильм «Я несу своё горе», посвящённый ходжалинской трагедии, а в 2022 году — художественный фильм «Жизнь как будто хороша» и художественно-документальный фильм «Фикрет Амиров». За фильм «Жизнь как будто хороша» он был удостоен звания «Лучший режиссёр тюркского мира» на Международном кинофестивале «Коркут Ата», проходившем в Турции. Будучи председателем жюри многих международных кинофестивалей, Вагиф Мустафаев удостоен Высшей аттестационной комиссией учёного звания профессора. Он преподаёт кинорежиссуру в Азербайджанском государственном университете культуры и искусств.
