Айгюн Самедзаде родилась 11 января 1967 года в Баку в семье интеллигенции. Первое образование получила в средней специальной музыкальной школе имени Бюльбюля, которую окончила в 1985 году с золотой медалью и именной стипендией. В том же году поступила на историко-теоретический факультет Азербайджанской государственной консерватории (ныне Бакинская музыкальная академия), становилась участницей и победительницей ряда республиканских и всесоюзных научных конференций и конкурсов. На конкурсе, посвящённом 100-летию со дня рождения Узеира Гаджибекова, была удостоена диплома, на III республиканской научной конференции — золотой медали за лучшую студенческую научную работу, на конкурсе между закавказскими республиками — диплома I степени. Окончив консерваторию с отличием и получив именную стипендию имени У. Гаджибекова, в том же году начала преподавательскую деятельность на кафедре истории музыки, вела курсы истории европейской музыки, музыкальной культуры тюркоязычных народов и музыкальной критики, была доцентом этой кафедры (1990–2016). Композитор и музыковед Айгюн Самедзаде с 2003 года — член Союза композиторов Азербайджана. В 2003 году Айгюн Самедзаде защитила кандидатскую диссертацию, посвящённую творчеству великого турецкого композитора Ахмеда Аднана Сайгуна. Кроме того, она является автором ряда научных статей и публицистических работ по истории азербайджанской музыки, в том числе «Роль меценатства искусства в Азербайджане», «Хуршидбану Натаван и азербайджанская культура», «Шах Исмаил Хатаи и азербайджанская культура», «Мир Мовсум Навваб», «Заслуги Гаджи Зейналабдина Тагиева в развитии нашей культуры», «Некоторые стилистические особенности творчества Аднана Сайгуна». Айгюн Самедзаде — автор более 200 песен, занимающих особое место в репертуаре многих известных исполнителей. Многие из этих произведений вошли в альбомы «Будем считать этот мир сказкой», «Ахмед Джавад», четырёхдисковый альбом «Азербайджан» и альбом «Песни Родины». Айгюн Самедзаде также написала музыку для ряда театральных постановок и фильмов. Она автор музыки к пьесам Эльчина Эфендиева «Убийца» и «Шекспир», Гусейна Джавида «Эмир Тимур» и «Иблис», Ильгара Фахми «Это я, я…», Стефана Цвейга «Письмо незнакомки», а также к фильмам «Побочный эффект», «Тайна» и «Последняя остановка». Айгюн Самедзаде — автор симфонических полотен «Туркестан», «Тоска», «Песчаный берег» и «Любовь», вокально-хореографической композиции «Хазрат-и Фатима», а также «Марша независимости», посвящённого 100-летию Республики. В годы войны она написала цикл песен — «Марш диаспоры», «Родной Азербайджан», «Песня победы», «Мой герой». Одним из последних достижений композитора стал проект «КОНЕЦ ТОСКЕ», посвящённый нашей победе во Второй Карабахской войне. Отметим, что видеосъёмка произведения прошла на освобождённых от оккупации землях, и это можно считать одной из значимых инициатив по донесению до мира армянского вандализма языком искусства. Айгюн Самедзаде создала цикл произведений на слова Ахмеда Джавада. В их числе кантата «Эй, тюрк» (состоящая из самостоятельных номеров «Эй, тюрк», «Бисмиллах», «Тюркской армии», «Знамя народа», «Я нашла», «Не замолчу», «Шехидам»), вокально-инструментальная композиция «Не плачь», романсы «Почему ты не пришёл?», «Моя жертва» и другие. Премьеры этих произведений состоялись 15 сентября 2018 года в Анкаре, 10 ноября 2018 года в Баку и 20 марта 2019 года в Эскишехире. Произведения исполнялись Президентским симфоническим оркестром Турции, хором TRT, Государственным симфоническим оркестром Азербайджана. На конкурсе «Best of Best» в 2000 году её песня «Школьные годы» заняла первое место, на конкурсе-фестивале «Песня песен» в 2002 году песни «Будем считать этот мир сказкой» и «Дождь» были удостоены первых мест, а песня «Моё тутовое дерево» получила Гран-при и приз зрительских симпатий. В 2008 году её песня «Бей во имя победы», представленная на конкурс песни на тему «Спорт и Олимпиада», объявленный Национальным олимпийским комитетом совместно с Министерством культуры и туризма и Союзом композиторов Азербайджана, заняла первое место. Авторские концерты композитора прошли во Дворце имени Гейдара Алиева в 2005, 2009 и 2015 годах, в Международном центре мугама в 2015 году, на Международном музыкальном фестивале «Шёлковый путь» в Шеки в 2017 году, а также в Зелёном театре 9 июня 2018 года по случаю 100-летия Республики. Айгюн Самедзаде — автор идеи и руководитель ряда телевизионных проектов, посвящённых пропаганде азербайджанской культуры, в том числе программ «На самом деле я», «История одной песни», «Интрада», «Экспромт». В 2019 году она стала автором идеи и руководителем проекта клавира «Азербайджан в 100 песнях», посвящённого песням азербайджанских композиторов о Родине. С 2012 года Айгюн Самедзаде руководит Центром искусств «НЕФЕС». 15 сентября 2011 года она была удостоена почётного звания «Заслуженный деятель искусств Азербайджанской Республики», а 27 мая 2018 года — почётного звания «Народная артистка Азербайджана». 17 мая 2025 года Айгюн Самедзаде была назначена директором Гянджинской государственной филармонии имени Фикрета Амирова.
