Vagif Mustafayev drehte in den ersten Jahren seines Schaffens fast 50 satirische Spiel- und Dokumentarsujets für das Filmjournal „Mozalan“. Seinen ersten Filmpreis gewann Vagif Mustafayev 1984 beim Internationalen Filmfestival junger Filmschaffender in Moskau für den Kurzfilm „Belə lazımdır“ (russ. „Так надо“) „für die beste Regiearbeit“. Im selben Jahr wurde beim Festival des Filmstudios „Mosfilm“ sein „Musiqili xaş“ (russ. „Хаш с музыкой“) „für das beste Drehbuch“ ausgezeichnet. 1985 drehte er die Filmkomödie „Bəyin oğurlanması“. Vagif Mustafayevs 1988 geschaffener Film „Yaramaz“ (russ. „Мерзавец“) erhielt 1989 beim Internationalen Filmfestival Neapel-Sorrent den Grand Prix, die „Goldmedaille Vittorio De Sica“, sowie beim Internationalen Festival der Komödienfilme im bulgarischen Gabrowo den Preis „Charlie Chaplins goldener Stock“. Der weltberühmte Filmregisseur Bernardo Bertolucci nahm „Yaramaz“ in die Liste seiner 35 weltweit liebsten Filme auf. Vagif Mustafayevs 1991 gedrehter Spielfilm „Nakəs“ (russ. „Вне“) gewann in Tiflis die beiden Hauptpreise des Internationalen Filmfestivals „Goldener Adler“ und in der Türkei die Goldmedaille der „Europäischen Türkisch-Islamischen Kulturunion“. 1990 schrieb er das Drehbuch des Kurzfilms „„Yapon“ və yaponiyalı“, 1993 des Spielfilms „Fəryad“ (russ. „Стон“) und 1994 des Spielfilms „Ləqəbi „İKA“dır“ (russ. „Под кличкой Ика“). 1997 erhielt der Film „Hər şey yaxşılığa doğru“ (russ. „Все к лучшему“) beim Internationalen Filmfestival der Kategorie A in Oberhausen (Deutschland) vier Preise. Derzeit wird der Film „Hər şey yaxşılığa doğru“ im Filmmuseum Oberhausen bewahrt. 1998 erhielt der Film beim Internationalen Filmfestival in Sankt Petersburg den Sonderpreis der Jury. Der Film wurde in den in Texas erschienenen Katalog der besten Filme der Welt aufgenommen. 2001 erhielt „Hər şey yaxşılığa doğru“ beim Filmfestival in Istanbul unter dem Vorsitz des herausragenden italienischen Regisseurs Ettore Scola einen der Hauptpreise, den „Goldenen Attila“. 1998 drehte Vagif Mustafayev die Filme „Fransız“ und „Yerlə göy arasında“. Sein 2004 gedrehter Film „Milli bomba“ (russ. „Национальная бомба“) war Nominierter des Internationalen Filmfestivals Moskau der Kategorie A. Beim Internationalen Filmfestival in Smolensk (Russland) erhielt er den Grand Prix. Beim Internationalen Filmfestival in Warna (Bulgarien) wurde der Film „Milli bomba“ mit dem Preis „Heiliger Kliment von Ohrid“ ausgezeichnet. Der 2006 gedrehte achtteilige Spielfilm „Yoxlama“ (russ. „Проверка“) gewann den Grand Prix des Eurasischen Teleforums in Moskau. Vagif Mustafayev ist Autor von 12 Dokumentarfilmen, die dem Nationalen Führer Heydar Aliyev gewidmet sind. Drei davon, „Əsl məhəbbət haqqında“, „Bir həsədin tarixi“ und „Xüsusi təyinat“, erhielten den Grand Prix des Eurasischen Teleforums in Moskau. Vagif Mustafayev, der 2018 den der Tragödie von Chodschali gewidmeten Dokumentarfilm „Dərdimi çəkirəm“ drehte, schuf 2022 den Spielfilm „Həyat, deyəsən, gözəldir“ (russ. „Жизнь как будто хороша“) und den Spiel-Dokumentarfilm „Fikrət Əmirov“. Für den Film „Həyat, deyəsən, gözəldir“ wurde er beim Internationalen Filmfestival „Korkut Ata“ in der Türkei mit dem Titel „Bester Regisseur der Turkwelt“ ausgezeichnet. Vagif Mustafayev, Juryvorsitzender vieler internationaler Filmfestivals, erhielt von der Obersten Attestierungskommission den wissenschaftlichen Titel Professor. Er lehrt Filmregie an der Staatlichen Universität für Kultur und Kunst Aserbaidschans.
